上海菱通最早成立于1991年，是由三菱商事和上海交通大学的合资成立。1997年成为日本恒星（日本恒星作为对日软件开发的主导企业，已在日本纳斯达克（JASDAQ）成功上市，曲立东先生是日本恒星创始人之一，当时任法人代表）在中国的全资子公司，由此菱通开始为中国的日资企业提供解决方案、SI服务事业及对日软件开发业务。曲立东总裁为了创立真正实现技术及解决方案为核心带动软件外包服务的商业模式，为菱通的人才提供综合发展的空间，1999年菱通经营团队通过MBO（管理层收购）方式，重新调整了上海菱通的投资组合，在日本东京设立了作为其投资主体的菱通控股有限公司。
经过之后多年的发展与历练，菱通拥有许多国际知名跨国企业客户，如住金物产、资生堂、三得利、三菱电机、恩瓦德(日本最大的服装企业)、KWE(近铁物流)、伊藤忠商事等，以及重庆医药、武汉烟草、大中电器等知名国内企业。上海菱通在供应链管理/物流系统解决方案提供领域具有一定的知名度，被中国物流软件企业协会授予"2004年度最佳物流信息化解决方案提供商"称号。
2005年度菱通集团的商业模式已基本确立，同时在客户群中的认知度也有了进一步的提升，菱通在提供跨国供应链系统解决方案服务的国际市场开拓方面也已有了重大突破。
菱通通过在中国国内提供企业（主要是跨国企业）供应链管理/物流服务解决方案领域的长期努力和积累，自身已形成了自主开发的核心技术、相关业务经验、解决方案体系及相关服务能力，并带动了公司对日软件外包市场的快速发展。菱通将秉承解决方案事业和软件外包事业相融合的经营方针，谋求更大的发展，并将以中国、日本及东南亚为目标市场，志在成为跨国供应链管理系统领域的知名企业和跨国系统工程服务领域的龙头企业。
菱通通过软件企业认定，是上海市外商投资先进技术企业及高新技术企业，并通过了CMMI/L3认证